Ce qui vaut pour toute dérogation.
Ces textes ne dépendent d'aucune donnée saisie : ils s'appliquent mot pour mot à toutes les dérogations « espèces protégées », ou à toutes celles d'un même régime d'instruction. L'atelier de la dérogation ne les répète donc pas à chaque ouverture, et y renvoie d'une ligne.
La note de dérogation et chaque version scellée les portent toujours, là où le dossier est remis à quelqu'un.
Ce que Bioma ne dit pas
La nécessité même de la dérogation
Bioma ne dit pas si une dérogation est nécessaire : il suppose qu'elle l'est. Elle n'est pas requise lorsque deux conditions sont réunies : le risque de destruction ou de perturbation n'apparaît pas « suffisamment caractérisé » compte tenu des seules mesures d'évitement et de réduction présentant des garanties d'effectivité, et le projet intègre un dispositif de suivi permettant d'évaluer l'efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire « pour garantir l'absence d'incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées » (C. env., art. L. 411-2-1, al. 1, dans sa rédaction issue de la loi n° 2025-391 du 30 avril 2025 ; le critère est repris de CE, Sect., 9 décembre 2022, n° 463563, pt 5, la condition de suivi est ajoutée par la loi). La compensation n'entre pas dans cette appréciation — elle n'empêche pas la destruction. Elle entre en revanche dans celle de l'octroi (pt 6), avec l'état de conservation. Pour l'avis, l'applicabilité du régime ne dépend, à ce stade, « ni du nombre de ces spécimens, ni de l'état de conservation des espèces protégées présentes » (pt 4) : cela vaut de la première condition, mais la loi a depuis rattaché la seconde au maintien des populations dans un état de conservation favorable, qui entre ainsi dans la finalité du suivi — sans devenir pour autant une donnée que Bioma saurait apprécier. Cette appréciation relève de l'écologue et de l'autorité administrative, sous le contrôle de laquelle s'apprécient les garanties d'effectivité ; aucune donnée saisie au dossier ne permet de la déduire, et le suivi annoncé au dossier ne vaut pas à lui seul la seconde condition.
Le régime d'instruction
Le régime d'instruction se déduit des nomenclatures déclarées au projet : une rubrique de l'eau ou une installation classée soumise à autorisation place la dérogation au sein d'une autorisation environnementale (C. env., art. L. 181-1, 1° et 2°) ; sinon, elle est demandée seule, sous l'arrêté du 19 février 2007 — c'est le droit commun. Tant que l'une des deux nomenclatures reste sans réponse, Bioma retient aussi le droit commun, sans que rien ne l'établisse. Cette lecture est à valider, et l'écologue la corrige au dossier : sa correction l'emporte. Les deux textes n'ont pas les mêmes cas de saisine. La qualification de projet soumis à étude d'impact est distincte et ne l'emporte pas : elle n'entre pas dans ce choix.
Selon le régime d'instruction
La saisine du Conseil national par le préfet
Sous le droit commun
Le préfet peut, à titre exceptionnel, saisir le Conseil national de la protection de la nature d'une demande qui relèverait du conseil régional (art. 3, II). Cette faculté s'apprécie au cas par cas et n'est pas déduite ici.
Le silence de quatre mois vaut rejet
Sous le droit commun
Le silence gardé pendant plus de quatre mois par l'autorité administrative sur une demande de dérogation vaut décision de rejet (C. env., art. R. 411-6, al. 2). Ce délai court de la demande, et Bioma n'en compte pas l'échéance : le dossier porte une date de dépôt prévisionnelle, qui est une intention, et non la date de dépôt effective d'où le délai se décompte. L'absence de réponse dans ce délai ne se lit donc pas comme une instruction en cours.
La saisine du Conseil national par le préfet
Sous autorisation environnementale
Le préfet saisit pour avis le Conseil national de la protection de la nature lorsqu'il estime que la complexité et l'importance des enjeux du dossier soulèvent une difficulté exceptionnelle (C. env., art. R. 181-28, 4°). Cette appréciation lui appartient et n'est pas déduite ici.
L'autorité qui délivre l'autorisation
Sous autorisation environnementale
L'autorisation environnementale est délivrée par le préfet du département dans lequel est situé le projet (C. env., art. R. 181-2), sauf les cas où elle relève d'une autorité ministérielle (art. L. 517-1 et R. 181-55). Le dossier ne porte pas cette qualification : l'autorité annoncée est celle du droit commun.
Le dossier d'autorisation environnementale
Sous autorisation environnementale
Les formulaires CERFA que Bioma annonce sont ceux de la demande de dérogation prise seule : ils valent inventaire des atteintes à justifier, non composition du dossier à déposer. Sous ce régime, le dossier de demande est complété par huit descriptions (C. env., art. D. 181-15-5), dont Bioma en contrôle six. Deux ne le sont qu'en partie, et ce qui leur manque se saisit espèce par espèce : pour les spécimens, leur nombre et leur sexe, le nombre est saisi et le sexe n'a aucun champ ; pour les lieux d'intervention, le projet est situé et le lieu de chaque intervention ne l'est pas. Ces deux points relèvent du rédacteur du dossier, et Bioma ne les vérifie pas.
Les mesures deviennent des prescriptions de l'arrêté
Sous autorisation environnementale
L'arrêté qui accorde l'autorisation environnementale comporte notamment les mesures d'évitement, de réduction et de compensation et leurs modalités de suivi (C. env., art. R. 181-43, premier alinéa) : les mesures que ce dossier propose, et leur suivi, y deviennent des prescriptions, dans la forme que le préfet retient. Lorsque le projet incombe à plusieurs maîtres d'ouvrage, le préfet identifie, le cas échéant, dans l'arrêté, les mesures qui relèvent de la responsabilité de chacun (même alinéa). Le dossier ne porte qu'un pétitionnaire, et Bioma ne dit pas quel maître d'ouvrage porte chaque mesure.
Contrôle de complétude
Les cinq ans ne sont pas un plafond
Sous le contrôle « Fraîcheur des inventaires de l'état initial »
Les cinq ans ne sont pas un plafond : le troisième alinéa du même article prévoit que l'autorité demande les compléments ou actualisations nécessaires lorsqu'elle estime l'inventaire insuffisant au regard des incidences du projet, ou que des enjeux écologiques nouveaux apparaissent — un incendie, une tempête ou une coupe rase en seraient, le texte ne les nommant pas. Bioma ne sait pas si le milieu a changé depuis les relevés et ne le déduit d'aucune donnée. La réutilisation qu'autorise le deuxième alinéa pour un autre projet de la même zone se lit sous la même réserve : un inventaire mutualisé décrit la zone telle qu'elle était.
Les enjeux écologiques nouveaux
Sous le contrôle « Enjeux écologiques nouveaux depuis les relevés »
L'autorité peut demander les compléments ou actualisations nécessaires lorsque des enjeux écologiques nouveaux apparaissent (C. env., art. R. 411-21-4).
La tierce expertise
Sous le contrôle « Absence de solution alternative satisfaisante »
L'absence d'autre solution satisfaisante peut être évaluée par une tierce expertise, menée à la demande de l'autorité compétente par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire (C. env., art. L. 411-2, 4° du I, dans sa rédaction issue de la loi n° 2026-796 du 18 août 2026). C'est une faculté de l'autorité : Bioma ne sait pas si elle sera exercée, et aucune donnée du dossier ne permet de le déduire. Elle ne vise que cette condition, ni le motif dérogatoire ni le maintien de l'état de conservation. Ce que la comparaison des variantes expose peut donc être repris par un tiers, et le coût de cet examen revient au demandeur.
Routage réglementaire
Le délai de l'avis
L'instance consultée est tenue par un délai : le Conseil national de la protection de la nature comme le conseil scientifique régional du patrimoine naturel rendent leur avis dans un délai de deux mois, et l'avis est réputé favorable à l'expiration de ce délai (C. env., art. R. 411-13-2 ; le même délai est repris par l'art. R. 181-28 sous autorisation environnementale). Les délais réels varient par ailleurs d'une région à l'autre, le conseil régional pouvant déléguer à l'un de ses membres l'avis sur les affaires courantes (art. R. 411-23, dernier alinéa).
Les habitats naturels
Des habitats naturels peuvent être protégés comme tels, indépendamment des espèces qu'ils abritent (C. env., art. L. 411-1, I, 3°), et les dérogations à cette protection suivent une procédure propre : avis du conseil scientifique régional réputé favorable à trois mois, délivrance par le ou les préfets auteurs de l'arrêté de protection, silence de quatre mois valant rejet (art. R. 411-17-7 et R. 411-17-8). Bioma rapproche les habitats saisis au dossier des listes nationales qui valent sur le territoire du projet ; protégeable n'est pas protégé, et la protection effective naît d'un arrêté préfectoral, qui se vérifie au recueil des actes administratifs du département (art. R. 411-17-7, V).
Dernière mise à jour : 28 septembre 2026.
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