Ce qui vaut pour toute dérogation.
Ces rappels valent pour toutes les dérogations « espèces protégées », ou pour toutes celles d'un même régime d'instruction. La page DEP ne les répète pas et renvoie ici.
La note technique et chaque version scellée les reprennent toujours.
À confirmer pour chaque dossier
La nécessité de la dérogation
La dérogation est tenue pour nécessaire. C'est à l'écologue de le confirmer, sous le contrôle de l'administration. La dérogation n'est pas requise si deux conditions sont réunies. D'abord, compte tenu des seules mesures d'évitement et de réduction dont l'effectivité est garantie, le risque de destruction ou de perturbation n'apparaît pas « suffisamment caractérisé ». Ensuite, le projet intègre un dispositif de suivi qui permet d'évaluer l'efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire « pour garantir l'absence d'incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées ». La compensation n'entre pas dans cette appréciation, car elle n'empêche pas la destruction. Elle entre en revanche dans celle de l'octroi de la dérogation, avec l'état de conservation. Le suivi annoncé au dossier ne vaut pas à lui seul la seconde condition. Sources : C. env., art. L. 411-2-1, al. 1, dans sa rédaction issue de la loi n° 2025-391 du 30 avril 2025 ; CE, Sect., 9 décembre 2022, n° 463563, pt 5 pour le critère et pt 6 pour l'octroi.
En savoir plus
Le critère du risque « suffisamment caractérisé » vient de l'avis du Conseil d'État. La condition de suivi est ajoutée par la loi. Pour le Conseil d'État, l'applicabilité du régime ne dépend, à ce stade, « ni du nombre de ces spécimens, ni de l'état de conservation des espèces protégées présentes » (pt 4). Cela vaut pour la première condition. La loi a depuis rattaché la seconde au maintien des populations dans un état de conservation favorable. Aucune donnée saisie au dossier ne permet de déduire ces deux conditions.
Le régime d'instruction
Le régime d'instruction se déduit des nomenclatures déclarées au projet. Avec une rubrique de l'eau ou une installation classée soumise à autorisation, la dérogation est demandée au sein d'une autorisation environnementale (C. env., art. L. 181-1, 1° et 2°). Sinon, elle est demandée seule, sous l'arrêté du 19 février 2007 : c'est le droit commun. Tant qu'une des deux nomenclatures n'est pas renseignée, le droit commun s'applique aussi, sans que rien ne l'établisse. Ce régime est à confirmer, et sa correction au dossier l'emporte. Les deux régimes n'ont pas les mêmes cas de saisine de l'instance consultée. La soumission à étude d'impact n'entre pas dans ce choix.
Selon le régime d'instruction
La saisine du CNPN par le préfet
Sous le droit commun
Le préfet peut, à titre exceptionnel, saisir le CNPN d'une demande qui relèverait du CSRPN (arrêté du 19 février 2007, art. 3, II). Cette faculté s'apprécie au cas par cas : l'autorité consultée affichée n'en tient pas compte.
Le silence de l'administration
Sous le droit commun
Le silence gardé pendant plus de quatre mois par l'autorité administrative sur une demande de dérogation vaut décision de rejet (C. env., art. R. 411-6, al. 2). Ce délai court à partir de la date à laquelle l'administration saisie en premier a reçu la demande (art. L. 114-3 du code des relations entre le public et l'administration). Lorsque l'administration demande des pièces ou informations manquantes exigées par les textes et fixe un délai pour les fournir, le délai de rejet est suspendu pendant ce délai. La remise de ces éléments avant son terme met fin à la suspension (art. L. 114-5 du même code). Ces règles de point de départ et de suspension s'appliquent sous réserve de dispositions spéciales. Elles visent les demandes des personnes physiques et des personnes morales de droit privé, comme les entreprises et les associations. Pour une collectivité, un service de l'État, ou une personne privée qui agit dans l'exercice d'une mission de service public dont elle est chargée, leur application est à vérifier (art. L. 100-1 et L. 100-3 du même code).
La saisine du CNPN par le préfet
Sous autorisation environnementale
Le préfet saisit pour avis le Conseil national de la protection de la nature lorsqu'il estime que la complexité et l'importance des enjeux du dossier soulèvent une difficulté exceptionnelle (C. env., art. R. 181-28, 4°). Cette appréciation lui appartient : l'autorité consultée affichée n'en tient pas compte.
L'autorité qui délivre l'autorisation
Sous autorisation environnementale
L'autorisation environnementale est délivrée par le préfet du département du projet (C. env., art. R. 181-2), sauf dans les cas où elle relève d'une autorité ministérielle (art. L. 517-1 et R. 181-55). Le dossier ne porte pas ce cas : l'autorité annoncée est celle du droit commun.
Le service qui coordonne l'instruction
Sous autorisation environnementale
L'instruction de la demande est coordonnée par un service de l'État, selon la catégorie de l'article L. 181-1 dont le projet relève principalement. C'est le service chargé de la police de l'eau pour le 1°, celui de l'inspection des installations classées pour le 2°, celui de la police des mines pour le 3°, et, dans les autres cas, le service que désigne le préfet (C. env., art. R. 181-3). Ce service est nommé quand les nomenclatures de l'eau et des installations classées du dossier le désignent. Pour des travaux miniers (3°), il n'est pas nommé.
Le dossier d'autorisation environnementale
Sous autorisation environnementale
Les formulaires CERFA annoncés sont ceux de la demande de dérogation prise seule : ils recensent les atteintes à justifier, et ne composent pas le dossier à déposer. Sous ce régime, le dossier de demande est complété par huit descriptions (C. env., art. D. 181-15-5). Six sont contrôlées, dont deux en partie seulement. D'abord, les spécimens, leur nombre et leur sexe : le nombre est saisi par espèce, mais pas le sexe. Ensuite, les lieux d'intervention : le projet est situé, mais pas le lieu de chaque intervention. Ces deux points relèvent du rédacteur du dossier, et ne sont pas vérifiés.
Les mesures dans l'arrêté d'autorisation
Sous autorisation environnementale
L'arrêté qui accorde l'autorisation environnementale comporte notamment les mesures d'évitement, de réduction et de compensation et leurs modalités de suivi (C. env., art. R. 181-43, premier alinéa). Les mesures que ce dossier propose, et leur suivi, y deviennent des prescriptions, dans la forme que le préfet retient. Lorsque le projet incombe à plusieurs maîtres d'ouvrage, le préfet identifie, le cas échéant, dans l'arrêté, les mesures qui relèvent de la responsabilité de chacun (même alinéa). Le dossier ne porte qu'un pétitionnaire, et n'attribue aucune mesure à un maître d'ouvrage.
Contrôles
La fraîcheur des inventaires
Sous le contrôle « Fraîcheur des inventaires de l'état initial »
Les cinq ans ne sont pas un plafond. L'autorité demande les compléments ou actualisations nécessaires lorsqu'elle estime l'inventaire insuffisant au regard des incidences du projet, ou que des enjeux écologiques nouveaux apparaissent (troisième alinéa de l'art. R. 411-21-4). Un incendie, une tempête ou une coupe rase en seraient, mais le texte ne les nomme pas. C'est à l'écologue de vérifier si le milieu a changé depuis les relevés. Un inventaire réutilisé pour un autre projet de la même zone, comme le permet le deuxième alinéa, décrit la zone telle qu'elle était.
Les enjeux écologiques nouveaux
Sous le contrôle « Enjeux écologiques nouveaux depuis les relevés »
L'autorité peut demander les compléments ou actualisations nécessaires lorsque des enjeux écologiques nouveaux apparaissent (C. env., art. R. 411-21-4).
La tierce expertise
Sous le contrôle « Absence de solution alternative satisfaisante »
L'autorité compétente peut faire évaluer l'absence d'autre solution satisfaisante par une tierce expertise. Un organisme extérieur, choisi en accord avec elle, la mène aux frais du pétitionnaire (C. env., art. L. 411-2, 4° du I, dans sa rédaction issue de la loi n° 2026-796 du 18 août 2026). C'est une faculté de l'autorité, et aucune donnée du dossier ne dit si elle sera exercée. Elle ne vise que cette condition, ni le motif dérogatoire ni le maintien de l'état de conservation. La comparaison des variantes peut donc être reprise par un tiers.
Formulaires et autorités
Le délai de l'avis
Le CNPN comme le CSRPN rendent leur avis dans un délai de deux mois. À l'expiration de ce délai, l'avis est réputé favorable (C. env., art. R. 411-13-2, délai repris par l'art. R. 181-28 sous autorisation environnementale). Les délais réels varient d'une région à l'autre : le CSRPN peut déléguer à l'un de ses membres l'avis sur les affaires courantes (art. R. 411-23, dernier alinéa).
Le versement des données brutes
Le maître d'ouvrage qui bénéficie d'une dérogation verse à l'inventaire du patrimoine naturel, par le téléservice de l'État, les données brutes de biodiversité acquises pour les études préalables à la décision et pour le suivi des impacts du projet, mesures d'évitement, de réduction et de compensation comprises (C. env., art. L. 411-1 A, I). Les données des études sont versées avant le début de la participation du public, ou avant la décision s'il n'y en a pas. Celles du suivi sont versées dans les six mois qui suivent l'achèvement de chaque campagne (art. D. 411-21-1). Le fichier est préparé au format du téléservice. Le versement reste à faire par le maître d'ouvrage.
Les habitats naturels
Des habitats naturels peuvent être protégés en tant que tels, indépendamment des espèces qu'ils abritent (C. env., art. L. 411-1, I, 3°). Les dérogations à cette protection suivent une procédure propre. L'avis du CSRPN est réputé favorable à trois mois. La dérogation est délivrée par le ou les préfets auteurs de l'arrêté de protection. Le silence de quatre mois vaut rejet (art. R. 411-17-7 et R. 411-17-8). Les habitats du dossier sont rapprochés des listes nationales qui valent au lieu du projet. Un habitat de ces listes n'est pas protégé pour autant : seul un arrêté préfectoral le protège, à vérifier au recueil des actes administratifs du département (art. R. 411-17-7, V).